Pada masa keemasan Bali kuno ini banyak sekte Hindu yang berkembang demikian pesatnya. Ada dua pendapat mengenai jumlah sekte Hindu yang berkembang di Bali. Pendapat pertama menyatakan ada Sembilan sekte hindu, sementara pendapat kedua menyatakan ada enam sekte hindu yang berkembang pada masa Bali kuno.
Dari beberapa sekte yang pernah berkembangan dan mewarnai kehidupan keagamaan di Bali, beberapa bagian dari pemujaan itu diteruskan hingga ke generasi sekarang. Agama Hindu modern saat ini merupakan kelanjutan dan pengembangan dari beberapa sekte atau aliran yang pernah berkembang di Bali.
9 Sekte Hindu menurut penelitian Dr. R.Goris (1926)
Siva Siddhanta
Pasupata,
Bhairava
Vaisnava,
Bodha (Soghata)
Brahmana,
Rsi,
Sora (Surya)
Ganapatya.
6 Sekte Hindu Menurut Lontar Kuno
Sambhu.
Brahma.
Indra.
Bayu.
Wisnu.
Kala.
Namun dari semua sekte tersebut yang paling dominan dan mewarnai kehidupan agama Hindu di Bali adalah Siva Siddhanta. Aliran ini meninggalan beberapa buah lontar atau catatan teks terkenal antara lain: Bhuvanakosa, Vrhaspatitattva, Tattvajnana, Sang Hyang Mahajnana, Catur Yuga, Vidhisastra dan lain-lain. Mudra dan Kutamantra yang dilaksanakan oleh para pandita Hindu di Bali dalam aktivitas ritual pelaksanaan Pujaparikrama bersumber pada ajaran Siva Siddhanta.
Pada masa Senapati Kuturan atau Mpu Kuturan seluruh sekta tersebut dikristalisasikan dalam bentuk pemujaan kepada Tri Murti. Konsep ini melandasi pembangunan Desa Krama (Pakraman) atau Desa Adat di Bali hingga kini. IC/AND/XIV/04
